Vrativši se u rodni kraj i djelujući na pastoralnom, kulturnom i prosvjetiteljskom planu, posebice nakon odvajanja od Bosne srebrene i osnutka Hercegovačke franjevačke provincije, mogli su razmišljati o ostvarenju ideje o otvaranju muzeja koji bi imao, prije svega, prosvjetiteljsku ulogu. Čuvanje kulturnog blaga nije im bilo strano ni ranije. U nesigurnim vremenima turske okupacije, crkveno posuđe, knjige, slike i druge vrijedne predmete, zbog sigurnosti su često morali nositi sa sobom. Evidentiranjem, prikupljanjem i čuvanjem kulturno-povijesne građe i prirodnjačkih preparata franjevci su se bavili i prije, ali je od polovice XIX. stoljeća taj rad poprimio organizirane oblike. Zaslugom pojedinih župnika i drugih učenih ljudi onoga vremena, u samostan su pristizali brojni arheološki i drugi muzejski predmeti, koji su vremenom postali putokazom istraživačima u otkrivanju značajnih nalazišta kao što su: rimsko poljoprivredno imanje (villa rustica) u Mogorjelu kraj Čapljine, rimski vojnički logor Gračine na Humcu, slojeviti arheološki lokalitet u Gorici kod Gruda, te mnogih drugih do sada opsežnije neistraživanih lokaliteta, kao npr. Rimsko naselje u Gracu kraj Posušja.
Prvi veliki korak ka realizaciji ideje o utemeljenju muzeja načinio je povjesničar, pisac i graditelj fra. Petar Bakula (Batin, 1816. - Mostar, 1873.). On je 1867. godine objavio svoj <Šematizam> na latinskom jeziku u kojemu je, međuostalim, iznio svoja zapažanja i istraživanja iz oblasti arheologije, povijesti, povijesne topografije, etnologije, prirodnih disciplina i dr. Njegovo je dijelo postalo temeljem ozbiljnijeg rada na istraživanju prošlosti, a u njemu date informacije, unatoč kasnijoj bezobzirnoj izgradnji, ni danas nisu izgubile na aktualnosti. Fra Anđeo Nuić (Drinovci, 1850. - Mostar, 1916.), arheolog, konzervator i muzealac, produbljujući Bakulina saznanja iz povijesti i arheologije, izvodi prva terenska arheološka ispitivanja, otkrivši tako rimski vojni logor na Gračinama na Humcu, a na Karauli u Tomislavgradu ostatke rimskih zgrada, te kamene spomenike s natpisima. Pokretne arheološke nalaze do kojih je dolazio svojim terenskim radom, te otkupom i darovima, dopremao je u samostanske prostorije na Humcu, s namjerom da ih izloži javnosti. Dobio je jednu prostoriju u samostanu, dao izraditi odgovarajuće vitrine i u proljeće 1884. godine za javnost otvorio utemeljivši tako prvu muzejsku instituciju u Bosni i Hercegovini. Iste je godine izradio statut i započeo voditi Spomenik muzeja, odnosno ulaznu knjigu prikupljenih predmata.
Rad na prikupljanju, čuvanju i izučavanju muzejske građe nastavljen je i dalje istim žarom, pa je prostor dodijeljen muzeju uskoro postao tijesan. Taj problem pratio je ovu ustanovu od osnutka pa sve do danas kada je konačno riješen za duže vremana. Unatoč poteškoćama koje su ga kroz više od stotinu godina pratile - skučen prostor, dva svjetska i Domovinski rat, nedostatak stručnjaka, ograničeni materijalni uvjeti - muzejske su se zbirke i dalje popunjavale, ali je tek 1969. godine za potrebe stalnog postava određen primjereniji prostor u istočnom krilu samostana sa tri sobe za prapovijesnu, antičku i srednjovjekovnu zbirku, te nadstrešnica u atriju za kamene spomenike. Ovaj je muzejski postav otvoren javnosti 1973. godine, a šest godina kasnije morao je, zbog adaptacije ovog dijela samostana, biti zatvoren. U međuvremenu ostvareni veliki broj posjeta s jedne srtane, a s druge obilježavanje rijetkog jubileja kao što je stota obljetnica od utemeljenja utjecali su na stvaranje uvijeta za realizacaiju novog postava po suvremenim načelima prezentacije muzejske građe. Tako je 1984. godine muzej ponovno otvoren u jednoj većoj i tri manje dvorane, a kameni spomenici su smješteni u klaustar. Stalni postav su činile: arheološka i kulturno-povijesna zbirka, te lapidarij. Nakon nepuna dva desetljeća, izloženi su predmeti ponovno morali biti sklonjeni od prijetećeg rata pa je muzej 1992. godine još jednom zatvoren.
Sada je pred vama potpuno nova muzejska izložba koju čine arheološki predmeti prikupljeni na širem prostoru Hercegovine. Potječu iz širokog vremenskog razdoblja. Prva etapa prapovijesti, starije kameno doba (paleolitik), predstavljeno je samo jednim eksponatom. Slijedeća su razdoblja, počevši od mlađeg kamenog doba(neolitika), preko bakrenog doba(eneolitika), brončanog i željeznog razdoblja prapovijesti, te rimskog i kasnoantičkog vremena i na koncu srednjega vijeka zastupljena raspoloživim brojem eksponata. Ovaj široki vremenski dijapazon od oko 16000 godina nije podjednako zastupljen predmetima u muzesjkim zbirkama. Najmanje ih je iz najstarijih razdoblja prapovijesti i srednjega vijeka, pa su u izložbi zastupljeni gotovo svi predmeti koje muzej ima, dok je iz ostale arheološke građe napravljen izbor najreprezentativnijih ostataka materijalne kulture. Posebno je bogata rimska zbirka iz poznatih razloga što je ljubuški kraj poznat po brojnim spomenicima ovog vremena.
Ovako postavljena izložba arheoloških spomenika sa šireg prostora Hercegovine, omogućit će posjetiteljima makar površan uvid u sfere materijalne i duhovne kulture žitelja koji su se u ovom dugotrajnom vremenu smjenjivali na njenu tlu, te otkriti manje poznatu djelatnost hercegovačkih fratara koji su naraštajima marljivo i samozatajno radili na prikupljanju, čuvanju i izučavanja u zrncima sačuvanih materijalnih tragova prošlosti svoje zemlje i svoga naroda.